Fortet Citadellet var det første forsvarsverket som ble bygget. Det ble påbegynt i 1848 og sto ferdig i 1862. Det ble bygget på verftets høyeste punk, ca 12 m. Dette var et sirkelrundt mursteinsfort med et inntrukket inngangsparti mot syd. Rundt fortet var det en tørr grav, 7,5 m bred og 4 m dyp og ytterst kledd med gråstein. En vindebro førte til inngangspartiet som, fordi det var inntrukket, kunne beskytes innenfra fortet. På hver side av inngangen var det et rom. Det ene var vaktrom, det andre var et ”ensomt fengsel”.
Yttermuren i fortet var ca 1,6 m tykk. Innenfor denne var det kasematter for 14 kanoner og i bakkant av disse var det en 1,8 m tykk ringmur. Innenfor denne var det losjirom for fortets besetning med vindue mot gårdsrommet inne i fortet. Kasemattene var overbygget og på taket var det et 1.25 m høyt brystvern og plass for 11 kanoner. To tårn inne i gårdsrommet hadde trapper opp til takbatteriet. Fra tårnene ble det heist signaler til fartøyene ute på Indre Havn, For varsling av brann og annet var det brann- og saluttkanoner.
I kjelleren var det , rundt hele fortet, et geværgalleri for å dekke bunnen av vollgraven. Her var det også to kruttkammere samt andre rom.