Magasin A var i sin tid det største murbygningen i Norge. I dag holder Marinemuseet og Fotomuseet til i dette bygget. Det er 157 meter langt og 15,7 meter bredt. Det skiller seg fra byggemetoden til magasin B, ved de innvendige runde takkonstruksjonene. Dette fordi A skulle være en del av festningsverket og ha en kanonstilling på taket. Under siste krig i februar 1945 ble Karljohansvern bombet og bygget fikk flere treffere, uten nevneverdige skader. Magasin B derimot der forsvant en tredel av bygget etter en fulltreffer. Magasin A ble bygget 1861 til 1864, mens magasin B ble bygget først, det var 157 meter og sto ferdig i 1839. De er tegnet av Aubert.
Magasinkanalen
Mellom magasinene ligger magasinkanalen som ble bygget for at fartøyene kunne ligge mellom magasinene og laste det de trengte for tokt eller beredskap. Store porter i alle etasjer og tilhørende kraner gjorde lastejobben enkel og rask. Magasinkanalen ble påbegynt i 1840 og sto ferdig i 1869. Den er 160 meter lang og 14,1 meter bred. Grunnforholdene var elendige og byggingen bød på skikkelige utfordringer.