Auditøren var –foruten å være den militære påtalemyndighet – også medlem i overkrigskommisjonen. Marinens auditørembete ble fra 1851 overført fra Stavern til Karljohansvern. Auditøren ble samtidig politimester i Horten.
Stavern:
1814 – 1816 Rye, Johan Henrik
1816 – 1823 Hvosleff, Jens
1823 – 1828 Thrap, Niels Andreas
1828 - Blix, Johan Gill
Tostrup, Hans
Xxxx – 1850 Sørensen, Nicolai Emanuel Thygesen
Karljohansvern:
1851 – 1862 Blom, Hans Andreas
1863 – 1888 Schmidt, Claus Christian
1889 – 1901 Kokkin, Niels Thorvald