Ble opprettet i Fredriksvern i 1835 under navnet ”Instrument og Søkartsamling” og var under ledelse av en kommisjon med verftssjefen som leder og en offiser som ”assistent og regnskapsfører”. Institusjonen ble i 1853 besluttet overflyttet til Horten og underlagt sjefen for Carljohansvern Verft. I 1871 ble assistenten pålagt å utføre observasjonsforretningene ved det på Carljohansvern i 1854 oppførte observatorium. I 1876 ble institusjonen organisert som egen administrasjonsgren under navnet ”Marinens navigasjonsvesen”. Det fikk en selvstendig bestyrer underlagt verftssjefen. Ved organisering av 1901 ble det sammen med de øvrige administrasjonsgrener utskilt fra verftet og underlagt Forsvarsdepartementet. Fra 30.4. 1946 underlagt sjefen for Sjøforsvaret og fra 1.5.1957 ble sjefen underlagt og gikk inn som en del av overkommandoen.
Bestyrere / sjefer:
Kaptein C. F. Wille 1876 – 1886
Kaptein E. Bretteville 1886 – 1893
Kommandørkaptein J. E. Trampe 1893
Kommandørkaptein C. F. S. Platou 1894 – 1912
Kommandørkaptein M. Preus 1912 – 1928
Kommandørkaptein F. Schulz 1928 – 1940
Kommandør J. Løchstøer 1945 – 1954
Kommandørkaptein T. Stamsø 1954 – 1956
Kommandørkaptein F. v. S. Fjeldstad 1957 – 1958
Kommandørkaptein M. Skaar 1958 – 1962
Fra 1.1.1963 ble Sjøforsvarets navigasjonsvesen overført som navigasjonsseksjonen i Sjøforsvarets forsyningskommando.